
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化修饰语蛋白酶组学产品,实现1000+玄之又玄度修饰语位点验出,固定逆转特别靶点,全地方生信定量分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“看见”到“认证”全操作流程业务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、實驗步骤流程
02、测试数剧
03、经“点”显现
在测量信息中,验出2个文章中新闻报道的经典之作靶点试述衣康酸体现位点,如第一点个被出现的衣康酸共价体现血清KEAP1,已经糖酵解径路中的3个至关重要酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,已经炎性小体包含血清NLRP3和癌细胞挫裂过程中 中的至关重要血清RIPK3等,其质谱图有以下几点图已知。
04、货品特征
1.几吨质控
商业服务化特喜欢的人测试探针孵育、SDS-PAGE检查测量、WB检验、子样本涉及到的性浅析等多方面位检查测量,确认工程项目可是靠普性。2.高特性质谱机器设备品台
在Orbitrap Astral全新新一批高签别质谱仪作明佛母心咒下,进行衣康酸性反应绘制位点及球蛋白技术鉴定新深入,推动科学技术研究方案新看见。3.全程序一趟式功能
依托于拜谱微生物逐步完善的科学试验品台,可给予“细胞膜培養→验测器孵育→WB验测→艰深度衣康酸性反应突显验测→炫舞心悦生信讲解→某一位点PRM查证”全环节保障,省时省劲更安心省心。05、浅析信息内容(大部分)
06、应用方法
PART 2、资料微信分享
文献资料一
因为名称:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
繁体中文版头:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
探析主要内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
文献综述二
英语题头:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文名字宝贝标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
研究方案內容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案例分析研究总体目标
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13兼有极强的底物构建技能,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱菌物衣康酸性反应修饰语组实测值统计数据中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸体现(正确图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱总结
为TCA反复的中的中部细胞基础产生物,衣康酸缓解细胞基础产生、抗体检测和发炎病变间的充分的功效,为医治抗体检测发炎病变性症状保证数据了换用医治手段。衣康酸框架中的亲电性α,β-不饱满羧酸框架能对淀粉酶质上的几丁质酶半胱氨酸残基完成烷基化突显(迈克尔暴伤的影响),一种翻譯后突显被被称作“衣康酸突显(itaconation)”,而使的影响淀粉酶质的功能,调整抗体检测对答和细胞基础产生渠道,为很多症状用药产品研发保证数据新一个构想。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应遮盖蛋清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物生物学任何时候一定量靶向治疗细胞代谢组(QMT1000)或热量产生靶点产生组产品的对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
学习医学文献
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.