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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出比较广泛的生物制品活力，比如抗良性肿瘤和抵抗疾病毒使用。一般来说，三萜是使用甲羟戊酸渠道自动合成的，并从大自然值物和细菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学理论研究文章。该科学理论研究出现三萜类有机物虫草粉酸（GA）是能够溶剂提升的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物技术制品导出引发的。顺利通过转录组和血清质组学技术设备水平拓宽渠道一个脚印探秘无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT引发几种野生灵芝粉酸（GA）的制度，并会根据多个学技术设备水平检查到的文化地域差异遗传基因和文化地域差异血清，得出DHT 生物技术制品结合 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功能键进行分类

完成对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体来进行转录组测序共取到67230个转录本和1429八个单人类表观遗传。在以下单人类表观遗传中，49二个被签定为距离体现人类表观遗传（DEGs），这中仅213个体现调整，279个体现下跌（图1A）。GO含有定量具体分析后，DEGs划分为生物体操作时（BP）、血癌细胞组分（CC）和原子功效（MF）3类。在BP类属中，造成了前以下5个子类属：消炎药进行分解癌细胞产生操作时，醋酸钠盐癌细胞产生操作时和甲酸盐癌细胞产生操作时;而在CC类属中，血癌细胞外区、突触结合体、突触组成是前以下5个亚类。相对于MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）活力、防氧化还原系统酶活力和酸氨（或酰胺）连结酶活力是前以下5个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG径路定量具体分析中，前30条含有度很高的径路含有27条是癌细胞产生，这中仅甲烷气体癌细胞产生、乙醛酸盐和二羧酸盐癌细胞产生、丙酸盐癌细胞产生信息径路正相关含有（图1D）。

图1|转录混合物析和作用等级分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

实现对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做蛋清质组学研究概述，一共确定好了16,457种独家肽、2606种蛋清质和2588种降钙素原检测蛋清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰能力下，将在2606种蛋清质中，94种被监定为的性别差异表明蛋清（DEPs），之中52种调涨，42种上涨（图2A），图2C提示了的性别差异表明蛋清的聚类算法研究概述热图。从GO研究概述方面看，BP等级分类提示，大部分数DEPs加入乙酸盐新陈新陈消化吸收历程、抗菌药降解新陈新陈消化吸收历程和口服药物降解新陈新陈消化吸收历程。CC类DEPs在内部外区、过空气氧化物质物酶体和微体中平均水平最低，空气氧化物质恢复备份酶活力性和甲酸脱氢酶（NAD）活力性在MF类中DEPs的比倒最低（图2B）。与转录组可是相近，KEGG环路研究概述提示，许许多多DEPs在新陈新陈消化吸收中聚集，之中3条最聚集的前提条件是光合生物学工程中的碳固定好、碳新陈新陈消化吸收和MAPK网络信号环路（图2D）。还有，实现研究概述GO数据显示库的CC对DEPs做亚内部确定研究概述和引用（图2E），DEPs具体分布图制作在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统理论上是GAs生物学工程人工的具体地址。

图2|血清质组的定量剖析剖析和功能键认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转变成和对比组获选DEGs和DEPs制成了维恩图，有20个文化差异表答表观遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共计的DEGs/DEPs通过聚类算法数据剖析，知道mRNA和淀粉酶质互相有18个上浮表观遗传和8个变动表观遗传，DEGs和它的反译的DEPs表答级别呈正涉及，应用于Pearson的涉及常数数据剖析，在转录组和淀粉酶质组互相监测到对应较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测没想到体现，E组和C组1个DEGs的展现程度距离可观，但其中9个为调整DEGs，1个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现大趋势与转录混合物析没想到相同。

图3|血清质组的定量深入分析深入分析和的功能印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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