在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验最终

1、从光敏训练生殖细胞中取出DNA交连蛋白质

为分割光热塑脂肪酸质-DNA挽回物使用在LC-MS浅析，诗人的开发打了个种变形纯化情况报告，可从DNA中祛否则你热塑脂肪酸质，仅在灯照时用做好人类基因组触及聚集DNA热塑脂肪酸质。用TRIZOL转化成刺绣质并祛除入狱获的非热塑脂肪酸，随后将其立即融化以做好RNase吸收。用超声波切剪所得税脂肪酸质热塑DNA的转化成物，在硫氰酸胍中加热变形，并在二防氧化硅离心式柱上的剧烈洗衣机清洗以祛否则你热塑脂肪酸质终将达到。用核酸酶补救从DNA中宣泄光热塑脂肪酸，并做好胰脂肪酸酶吸收使用在LC-MS浅析。该最简单的方法名称为脂肪酸质热塑DNA转化成或XDNAX。

图1.脂肪酸质交连DNA生成或XDNAX的步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可进行触碰DNA的蛋白酶质图谱

将光交连最简单的方法采用于MCF7細胞，察觉了1,805种侯选人血清，当中1,191种出现于3个或多次去重复中。60%的DNA上下级角色组暗含核酸搭配的GO注脚，在或缺核酸搭配注脚的血清质中，比较大的突出贡献原于核纤层血清，第二是参与到染色法质组识和細胞分裂主义的血清质（图2）。

图2 . 可随便接觸 DNA 的营养素质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结会了DNA彼此效用组所抽象性的蛋清质-DNA介面以及包含了的核苷酸热塑肽。这比如根据（1）球状DNA联系结构的域、（2）DNA 联系周期性区（IDR）和（3）根据与另一个蛋清质（举例组蛋清联系蛋清）、RNA（举例剪接成分）或相拆分区室（举例核仁蛋清）彼此效用而造成 的室内环境靠近。

图3 . 可进行相处 DNA的架构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法组织细胞扰动期间里与DNA相结合的转录分子

雌缴素蛋清激酶α（ESR1）驻待在胞质溶胶中，也许见到其配体，促发易位到体受损细胞核结构，在哪里有它与什么是基因组中的特殊区域性综合以更改密码特殊的转录源程序。将血清饥饿的MCF7体受损细胞核外露于高用药量雌缴素（10 nM 17β-雌二醇）44半个小时，与虚拟操作的比对体受损细胞核很它们之间的DNA互为用处组（图4A）。这之中，雌缴素敏感后DNA互为用处组中的ESR1增高了30倍（图4B）。大体上就，在1,814个定量分析的蛋清质-DNA互为用处中，约有9%表示出超过了2倍的相关性波动，并观察植物到与ESR1享有互为用处的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素除理乳房增生癌人体细胞 DNA 相互之间意义组的按量是比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

分析进去人类人类基因组的核营养物质以分析它是如果被识别并付诸实践操作的，长时间是科技探究人是一个长时间的追求完美。人类人类基因组可及性大部分以DNA为服务中心的的视角通过分析，但，到如今 ，刺绣质妇科凝胶中的些什么核营养物质与DNA 引发电学互相功能尚不很清楚。适用零距光热塑，可找到DNA互相功能组中的绝基本上数核营养物质，XDNAX的技术将成为核营养物质-DNA互相功能分析的强悍用具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、表达组学、产生组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

分类医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.