
2025年2月23日江苏大学考研王英杰幼儿老师开发团队等在Stem Cell Research & Therapy异物(7.1)上发表“OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells”的文章,文章发现在低氧应激条件下,转录因子OCT4可以作为RNA结合蛋白在转录后水平激活AKT信号通路,维持多能干细胞的存活和多能性。研究团队通过HITS-CLIP等组学分析技术,发现OCT4蛋白能与一系列靶mRNA结合。在应激条件下,OCT4蛋白可脱离DNA结合模式,转而结合到AKT通路相关基因(如AKT1)mRNA的5'UTR区域,发挥RBP和ITAF的功能。进一步利用翻译组测序(RNC-seq)和蛋白质组学分析证实,这种结合显著提升了靶mRNA的翻译效率,导致AKT通路蛋白的快速翻译,促进细胞存活。拜谱生物工程为该分析给予了球蛋白互作组加测的服务,助力揭示OCT4的互作蛋白。该内容网络通信小说拜谱生物王英杰美术老师为拜谱微动物首席总裁科学学专员,拜谱微动物总董事长呼建文联手摘要发表论文。
日语微信标题:OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells, Stem Cell Research & Therapy, IF 7.1, 2025
诗人单位名称:浙江大学
论述的材料:人类胚胎干细胞系H1和H9、NCCIT细胞
组学能力:转录组、血清互作组
PART.1
理论研究最终
OCT在转录后技术系统激活AKT1淀粉酶展现
实现RNA电磁波辐射敲低OCT4,发展AKT1 mRNA水准同质性提升,而胆固醇质水准发生的变化太小。这取决于OCT4在AKT1理解调节管控中会存在转录后/译为水准的性别差异。OCT4用于的基本设在人体細胞质潜在挥基本功能的转录指数,而大区域转录后/译为的时候发生的在人体細胞质中,创作者实现亚人体細胞分割得到 胞质、人体細胞质多组分,发展人体細胞质中的OCT约占总胆固醇的10%。使用交连免疫力沉定测序科技(HITS-CLIP)描述OCT4-RNA互作组
原因已经的学习表述OCT4机会是RBP,故而学习员工打算实用HITS-CLIP技术工艺软件下载地解答OCT4-RNA之间能力组。学习员工实用CRISPR/Cas9软件下载构造 了TAP-OCT4 H1体生殖细胞系,该体生殖细胞系在OCT4的5’UTR右后方敲入了一大个TAP性子,为了更加容易地拆分和含有OCT4-RNA黏结物。按照此种具体方法,学习员工识別了过量OCT4搭配位点,这种位点数据分布在5’UTR、CDS、3’UTR、内涵子、非代码表观遗传组外显子、表观遗传组间位置和反义CLIP-seq性子中(图1)。实用MEME软件下载对OCT4搭配位点完成motif深入分析,发觉GC-rich的(5′-GCCG-3′)回文序列在OCT4搭配位点中特殊含有,需要是在翻意开始位点的GC-rich六聚体(图1)。
图1 OTC4根据靶dnamRNA的5’-UTR空间
在OCT4联系PI3K/AKT径路基因组的mRNA
动物信息内容学剖析出现OCT4构建的dna一般组织RNA分解代谢、英译、各项刺击和的压力不良反应等动物学环节,这表面OCT4在以下环节中也许充分发挥极为重要的宏观调试意义。以下dna的效果属于蛋白酶质磷过酸、内源性凋亡表现环路和干肿瘤肿瘤组织神经元稳定等。GO剖析表面,OCT4构建的dna分散在肿瘤肿瘤组织神经元的大个部分地域,属于肿瘤肿瘤组织神经元结构、肿瘤肿瘤组织神经元质和肿瘤肿瘤组织神经元膜。GO原子核效果剖析表面,OCT4构建的dna享有DNA构建、RNA构建和激酶构建等效果。KEGG环路剖析将OCT4构建的dna聚类分析法到四个环路中,这其中属于肿瘤肿瘤组织神经元细胞迁移、PI3K/Akt表现环路和PPAR表现环路。与AKT宏观调试意义保持一致,OCT4构建到个PI3K/AKT表现环路dna的mRNA,属于PIK3CD、PIK3R2、PDPK1、AKT1、KRAS、BAD和EIF4E。这表面OCT4也许进行一直构建其5’UTR来调试以下dna的英译。OCT4与互作淀粉酶功效于翻譯起止的监测
方便更精确性地亲子签别受损体组织神经组织细胞系结构质中的OCT4互作淀粉酶质,探讨人对受损体组织神经组织细胞系结构质淀粉酶质采取了无刺激的裂解,并省略了裂解缓存数据液中填加核酸酶。这一种必备条件既继承了淀粉酶质/核酸相互间影响,还使核质TFs与DNA组DNA共沉积,所以相对而言含有了受损体组织神经组织细胞系结构质淀粉酶质和另一个可可溶性核质淀粉酶质(如剪接系数)。经过这一种具体方法,探讨人还可以最明显的程度地才能减少核质中OCT4转录系数影响的干涉,并更专注力于其当做RBP的新性能性。探讨人食用质谱高技术亲子签别了24个OCT4互作淀粉酶质,并剖析了这一些食品的亚受损体组织神经组织细胞系结构精准定位、团伙性能性和生物工程学时候(图2)。这一些淀粉酶质核心坐落受损体组织神经组织细胞系结构核、受损体组织神经组织细胞系结构质和受损体组织神经组织细胞系结构膜,并兼具译成系数紧密联系、RNA紧密联系和淀粉酶质紧密联系等性能性。STRING淀粉酶质组学网上剖析进两步反映了很多OCT4互作淀粉酶质与译成、转录、负荷表现和装运等4个组重要性(图3)。这一些结果显示可确认,OCT4也许体验进来者mRNA译成的改善。在24个OCT4互作淀粉酶质中,有著名的HNRNPA1和EIF3的分解成部门EIF3G,这可确认OCT4也许体验进来者帽根据症型症性和/或帽非根据症型症性但EIF4F非根据症型症性译成开始时候。写作者进两步可确认OCT4、HNRNPA1和EIF3G也许主体体验进来者PI3K/AKT信号灯信号通路DNA的帽非根据症型症性和/或帽根据症型症性但EIF4F非根据症型症性译成开始时候。
图2 OTC4淀粉酶互作多组分析
图3 OTC4蛋白质互作组实用功能深入分析
OCT4政策调控低氧标准下PI3K/AKT信号通路表观遗传的翻泽百分率
做者在英译组测序和转录组测序理论研究了低氧前提條件下OCT4在调控PI3K/AKT移动电磁波通道DNAmRNA英译或是缺省DNA中的帮助。做者整理了英译组和转录组的RPKM动态数据荣获了RNA的英译百分率,即总mRNA中形成英译的mRNA分配比例。KEGG功能键聚集体现 再降英译百分率的DNA主耍进行到PI3K/AKT移动电磁波通道、mTOR移动电磁波通道、胰岛素移动电磁波通道、凋亡和充斥体通道等,而上涨英译百分率的DNA主耍进行到核心转录成分、泛素介导的球胆固醇化学降解、神经元过渡期和PI3K/AKT移动电磁波通道等(图4)。最终体现 OCT4在缺痒前提條件下对PI3K/AKT移动电磁波通道DNA的英译至关核心。OCT4应该在IRES介导的帽非忽略性英译行业使得PI3K/AKT移动电磁波通道DNA的英译。
图4 低氧环境下的OTC4对球蛋白翻译资料的vscode性管控
OCT4促活的AKT1翻译工作来应该对缺氧怎么办和阳极氧化应激反应
为了能让进一台理论研究方案OCT4与AKT1mRNA运用的制度化,理论研究方案成员使用的HKINT高技术(杂合子敲入N端性子)敲不但AKT1DNA5’UTR的一台分,以受损OCT4与AKT1 mRNA的双方效用。最后揭示,TAP-AKT1淀粉酶平行面同质性不超过天然的型AKT1淀粉酶平行面,而TAP-AKT1 mRNA平行面则同质性超出天然的型AKT1 mRNA平行面,这揭示受损OCT4与AKT1 mRNA的双方效用会阻止TAP-AKT1的当地翻譯。在星球基地游戏业务能力下,天然的型AKT1淀粉酶平行面在星球基地游戏处置后8半钟头同质性提高,之后在24半钟头后可以恢复到原平行面。而TAP-AKT1淀粉酶平行面则在整块星球基地游戏期間持继走低。TAP-AKT1内部膜比天然的型内部膜更简易 多样性为外胚层和内胚层,但不简易 多样性为间充质。以上,OCT4在IRES介导的行业缴活AKT1的当地翻譯,关键在于在星球基地游戏业务能力下提升PSCs的杀灭和自我认识刷新业务能力。PART.2
好的文章总结
上述情况所讲,本探析会发现OCT4是人类祖先大多能干受损细胞中的一项RNA融入蛋清,它融入到mRNAs的5’-UTR、3’-UTR和CDS板块。在OCT4蛋清质间接的功效组中检查测量到二个给定进行IRES介导英译英语起止的蛋清质,融入RNC-seq/RNA-seq定量分析进这一步核对了OCT4在PSCs反映乏氧压的英译英语干预中的重点的功效。适合准备的是,OCT4在乏氧的条件下经由IRES介导路径融入到AKT1和二个PI3K/AKT信号灯通道染色体mRNAs的GC-rich电子器件上,并利于它们之间的英译英语起止。经由HKINT方法步骤特男人危害AKT1 mRNA的5’-UTR架构和OCT4-5’-UTR间接的功效重要拉低了AKT1的英译英语关卡,产生PSCs对硫化应激性分析的凋亡去世最为脆弱,并优先权向外胚层和内胚层分解。PART.3
拜谱总结
本研究通过多组学技术揭示了OCT4作为一种新型的抗应激RNA结合蛋白,在应激条件下通过翻译调控促进多能干细胞的存活和自我更新。OCT4通过结合到AKT1等PI3K/AKT通路基因mRNA的5'-UTR区域,促进其在应激条件下的翻译起始,从而在PSCs的存活和分化中发挥关键作用。拜谱生物为该研究提供了蛋清互作组质谱概述系统,拜谱生物制品可作为稳定完整的转录组学、血清组学、新陈代谢组学同时多个学合作物品技术工艺服务项目机制,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
对比论文论文参考文献:
Chen W, Chen X, Chen C, et al. OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells. Stem Cell Res Ther. 2025;16(1):84. Published 2025 Feb 23. doi:10.1186/s13287-025-04229-1